sisl
v0.8.3
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Index
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Index
A
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B
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C
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R
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S
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T
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U
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V
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W
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X
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Z
A
a2isc() (sisl.geometry.Geometry method)
a2o() (sisl.geometry.Geometry method)
a2p() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
a2sc() (sisl.geometry.Geometry method)
a_d (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
a_dev (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
add() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
add_sile() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
ADOS() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
angle (sisl.quaternion.Quaternion attribute)
angle() (in module sisl.utils.misc)
append() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
ArgumentParser() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
(sisl.io.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.BaseSile method)
(sisl.io.CARSileVASP method)
(sisl.io.MoldenSile method)
(sisl.io.XSFSile method)
(sisl.io.XVSileSiesta method)
(sisl.io.XYZSile method)
(sisl.io.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.bigdft.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.bigdft.ascii.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.molden.MoldenSile method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.XVSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.bands.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.xv.XVSileSiesta method)
(sisl.io.sile.BaseSile method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.vasp.CARSileVASP method)
(sisl.io.vasp.car.CARSileVASP method)
(sisl.io.wannier.seedname.winSileW90 method)
(sisl.io.wannier.winSileW90 method)
(sisl.io.winSileW90 method)
(sisl.io.xsf.XSFSile method)
(sisl.io.xyz.XYZSile method)
ArgumentParser_out() (sisl.io.BaseSile method)
(sisl.io.XSFSile method)
(sisl.io.sile.BaseSile method)
(sisl.io.xsf.XSFSile method)
argv_negative_fix() (in module sisl.utils.cmd)
asc2uc() (sisl.geometry.Geometry method)
ASCIISileBigDFT (class in sisl.io)
(class in sisl.io.bigdft)
(class in sisl.io.bigdft.ascii)
Atom (class in sisl.atom)
atom (sisl.atom.Atoms attribute)
(sisl.geometry.Geometry attribute)
atom_current() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
atom_current_from_orbital() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
atomic_mass() (sisl.atom.PeriodicTable method)
Atoms (class in sisl.atom)
atoms (sisl.geometry.Geometry attribute)
attach() (sisl.geometry.Geometry method)
average() (sisl.grid.Grid method)
axyz() (sisl.geometry.Geometry method)
B
bandsSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.bands)
BaseSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.sile)
bcc() (in module sisl.geom.basic)
BDOS() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
bond_correct() (sisl.geometry.Geometry method)
bond_current() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
bond_current_from_orbital() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
BulkDOS() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
C
CARSileVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.car)
cell (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
center (sisl.shape.shape.Shape attribute)
center() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
chemical_potential() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
close() (sisl.geometry.Geometry method)
close_all() (sisl.geometry.Geometry method)
close_sc() (sisl.geometry.Geometry method)
collect_arguments() (in module sisl.utils.cmd)
collect_input() (in module sisl.utils.cmd)
configuration() (in module sisl.io.bigdft.setup)
(in module sisl.io.gulp.setup)
(in module sisl.io.siesta.setup)
(in module sisl.io.vasp.setup)
(in module sisl.io.wannier.setup)
(in module sisl.setup)
conj() (sisl.quaternion.Quaternion method)
construct() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
CONTCARSileVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.car)
copy() (sisl.atom.Atom method)
(sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.quaternion.Quaternion method)
(sisl.sparse.SparseCSR method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
correct_Newton() (sisl.quantity.dynmat.DynamicalMatrix method)
create_construct() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
cross_section() (sisl.grid.Grid method)
Cube (class in sisl.shape.prism4)
CUBESile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.cube)
Cuboid (class in sisl.shape.prism4)
current() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
cut() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
D
D (sisl.quantity.dynmat.DynamicalMatrix attribute)
data (sisl.sparse.SparseCSR attribute)
dcell (sisl.grid.Grid attribute)
dec_collect_action() (in module sisl.utils.cmd)
dec_collect_and_run_action() (in module sisl.utils.cmd)
dec_default_AP() (in module sisl.utils.cmd)
dec_run_actions() (in module sisl.utils.cmd)
default_namespace() (in module sisl.utils.cmd)
degree (sisl.quaternion.Quaternion attribute)
dHncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans)
diamond() (in module sisl.geom.special)
dim (sisl.sparse.SparseCSR attribute)
direction() (in module sisl.utils.misc)
Dirichlet (sisl.grid.Grid attribute)
displacement (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid attribute)
(sisl.shape.prism4.Cuboid attribute)
(sisl.shape.shape.Shape attribute)
Dk() (sisl.quantity.dynmat.DynamicalMatrix method)
DOS() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
DOS_A() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
DOS_bulk() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
DOS_Gf() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
dR (sisl.atom.Atom attribute)
(sisl.atom.Atoms attribute)
(sisl.geometry.Geometry attribute)
dtype (sisl.grid.Grid attribute)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
(sisl.sparse.SparseCSR attribute)
dvol (sisl.grid.Grid attribute)
DynamicalMatrix (class in sisl.quantity.dynmat)
E
E (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
edge_length (sisl.shape.prism4.Cuboid attribute)
eigh() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
eigsh() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
Eindex() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
Elecs (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
elecs (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
Elecs (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
elecs (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
Elecs (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
elecs (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
Electrodes (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
electrodes (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
Electrodes (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
electrodes (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
Electrodes (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
electrodes (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
electronic_temperature() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
Ellipsoid (class in sisl.shape.ellipsoid)
empty() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.sparse.SparseCSR method)
enlarge() (sisl.shape.shape.Shape method)
ensure_namespace() (in module sisl.utils.cmd)
erange() (in module sisl.utils.ranges)
expand() (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid method)
(sisl.shape.prism4.Cuboid method)
F
fcc() (in module sisl.geom.basic)
fdfSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.fdf)
file (sisl.io.fdfSileSiesta attribute)
(sisl.io.Sile attribute)
(sisl.io.SileBin attribute)
(sisl.io.SileCDF attribute)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta attribute)
(sisl.io.sile.Sile attribute)
(sisl.io.sile.SileBin attribute)
(sisl.io.sile.SileCDF attribute)
fileindex() (in module sisl.utils.ranges)
finalize() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.sparse.SparseCSR method)
finalized (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
(sisl.sparse.SparseCSR attribute)
fromASE() (sisl.geometry.Geometry class method)
fxyz (sisl.geometry.Geometry attribute)
G
geom (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
Geometry (class in sisl.geometry)
geometry (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
get() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
get_sile() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
get_sile_class() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
get_siles() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
gotSileGULP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.gulp)
(class in sisl.io.gulp.got)
graphene() (in module sisl.geom.flat)
Grid (class in sisl.grid)
gridncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.siesta_grid)
grids() (sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
H
H (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
Hamiltonian (class in sisl.quantity.hamiltonian)
HamiltonianSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.ham)
hcp() (in module sisl.geom.basic)
HessianSileGULP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.gulp)
(class in sisl.io.gulp.hessian)
honeycomb() (in module sisl.geom.flat)
I
includes() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
index() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.grid.Grid method)
index_c2f() (in module sisl.utils.c2f)
insert() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
interp() (sisl.grid.Grid method)
iR() (sisl.geometry.Geometry method)
is_keys() (sisl.io.Sile static method)
(sisl.io.sile.Sile static method)
is_orthogonal() (sisl.supercell.SuperCell method)
(sisl.supercell.SuperCellChild method)
isDataset() (sisl.io.sile.SileCDF class method)
(sisl.io.SileCDF class method)
isDimension() (sisl.io.sile.SileCDF class method)
(sisl.io.SileCDF class method)
isGroup() (sisl.io.sile.SileCDF class method)
(sisl.io.SileCDF class method)
ispmatrix() (in module sisl.sparse)
ispmatrixd() (in module sisl.sparse)
isRoot() (sisl.io.sile.SileCDF class method)
(sisl.io.SileCDF class method)
isVariable() (sisl.io.sile.SileCDF class method)
(sisl.io.SileCDF class method)
iter() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.io.SileCDF method)
(sisl.io.sile.SileCDF method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
iter_block() (sisl.geometry.Geometry method)
iter_block_rand() (sisl.geometry.Geometry method)
iter_block_shape() (sisl.geometry.Geometry method)
iter_nnz() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.sparse.SparseCSR method)
iter_orbitals() (sisl.geometry.Geometry method)
iter_shape() (in module sisl.utils.misc)
iter_species() (sisl.geometry.Geometry method)
iwithin() (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid method)
(sisl.shape.ellipsoid.Sphere method)
(sisl.shape.prism4.Cuboid method)
(sisl.shape.shape.Shape method)
K
key() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
key2case() (sisl.io.Sile static method)
(sisl.io.sile.Sile static method)
keys2case() (sisl.io.Sile static method)
(sisl.io.sile.Sile static method)
kpt (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
kT() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
L
lasto (sisl.geometry.Geometry attribute)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
line_has_key() (sisl.io.Sile static method)
(sisl.io.sile.Sile static method)
line_has_keys() (sisl.io.Sile static method)
(sisl.io.sile.Sile static method)
list2range() (in module sisl.utils.ranges)
lstranges() (in module sisl.utils.ranges)
M
mass (sisl.atom.Atoms attribute)
(sisl.geometry.Geometry attribute)
mean() (sisl.grid.Grid method)
merge_instances() (in module sisl.utils.misc)
mirror() (sisl.geometry.Geometry method)
MoldenSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.molden)
move() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
mu() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
N
n_s (sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
na (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
na_d (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
na_dev (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
na_s (sisl.geometry.Geometry attribute)
na_u (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
name_spec() (in module sisl.utils.misc)
nanotube() (in module sisl.geom.nanotube)
ncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.siesta)
nE (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
ne (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
nE (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
ne (sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
nE (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
ne (sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
Neumann (sisl.grid.Grid attribute)
nkpt (sisl.io.siesta.tbtavncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans_av.tbtavncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtavncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
nnz (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
(sisl.sparse.SparseCSR attribute)
no (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
no_d (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
no_s (sisl.geometry.Geometry attribute)
no_u (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
norm() (sisl.quaternion.Quaternion method)
nsc (sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
O
o2a() (sisl.geometry.Geometry method)
o2isc() (sisl.geometry.Geometry method)
o2p() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
o2sc() (sisl.geometry.Geometry method)
offset() (sisl.supercell.SuperCell method)
orbital_current() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
orbitals (sisl.atom.Atoms attribute)
orbitalss (sisl.geometry.Geometry attribute)
origo (sisl.shape.prism4.Cuboid attribute)
orij() (sisl.geometry.Geometry method)
orthogonal (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
osc2uc() (sisl.geometry.Geometry method)
outSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.out)
P
Periodic (sisl.grid.Grid attribute)
PeriodicTable (class in sisl.atom)
phtavncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans_av)
phtncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans)
phtprojncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans_proj)
pivot (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
POSCARSileVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.car)
prepend() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
print() (sisl.io.fdfSileSiesta static method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta static method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta static method)
pvt (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
Q
Quaternion (class in sisl.quaternion)
R
radians (sisl.quaternion.Quaternion attribute)
radii() (sisl.atom.Atom method)
(sisl.atom.PeriodicTable method)
radius (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid attribute)
radius() (sisl.atom.Atom method)
(sisl.atom.PeriodicTable method)
rcell (sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
read() (sisl.geometry.Geometry static method)
(sisl.grid.Grid static method)
(sisl.io.BaseSile method)
(sisl.io.sile.BaseSile method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian static method)
(sisl.supercell.SuperCell static method)
read_data() (sisl.io.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.bands.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.bandsSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.out.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
read_dynmat() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.HessianSileGULP method)
(sisl.io.gulp.HessianSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.hessian.HessianSileGULP method)
read_es() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.HamiltonianSile method)
(sisl.io.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
(sisl.io.ham.HamiltonianSile method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.binaries.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.wannier.seedname.winSileW90 method)
(sisl.io.wannier.winSileW90 method)
(sisl.io.winSileW90 method)
read_force() (sisl.io.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.out.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.outSileSiesta method)
read_geom() (sisl.io.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.CARSileVASP method)
(sisl.io.CUBESile method)
(sisl.io.HamiltonianSile method)
(sisl.io.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.XSFSile method)
(sisl.io.XVSileSiesta method)
(sisl.io.XYZSile method)
(sisl.io.bigdft.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.bigdft.ascii.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.cube.CUBESile method)
(sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
(sisl.io.ham.HamiltonianSile method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.XVSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.binaries.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.out.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.xv.XVSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.vasp.CARSileVASP method)
(sisl.io.vasp.car.CARSileVASP method)
(sisl.io.wannier.seedname.winSileW90 method)
(sisl.io.wannier.winSileW90 method)
(sisl.io.winSileW90 method)
(sisl.io.xsf.XSFSile method)
(sisl.io.xyz.XYZSile method)
read_grid() (sisl.io.cube.CUBESile method)
(sisl.io.CUBESile method)
(sisl.io.gridncSileSiesta method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.gridncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta_grid.gridncSileSiesta method)
read_moment() (sisl.io.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.out.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.outSileSiesta method)
read_sc() (sisl.io.CARSileVASP method)
(sisl.io.CUBESile method)
(sisl.io.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.XVSileSiesta method)
(sisl.io.cube.CUBESile method)
(sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gridncSileSiesta method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.XVSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.binaries.TSHSSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.gridncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta_grid.gridncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.xv.XVSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.vasp.CARSileVASP method)
(sisl.io.vasp.car.CARSileVASP method)
(sisl.io.wannier.seedname.winSileW90 method)
(sisl.io.wannier.winSileW90 method)
(sisl.io.winSileW90 method)
read_species() (sisl.io.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.out.outSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.outSileSiesta method)
read_super() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
readline() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.Sile method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.sile.Sile method)
reduce() (sisl.atom.Atoms method)
register_math() (sisl.sparse.SparseCSR class method)
remove() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
remove_part() (sisl.grid.Grid method)
reorder() (sisl.atom.Atoms method)
repeat() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
reset() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
reverse() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
rij() (sisl.geometry.Geometry method)
rotate() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.quaternion.Quaternion method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
rotate_miller() (sisl.geometry.Geometry method)
rotatea() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
rotateb() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
rotatec() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
S
S (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
sc() (in module sisl.geom.basic)
sc2uc() (sisl.geometry.Geometry method)
sc_index() (sisl.supercell.SuperCell method)
(sisl.supercell.SuperCellChild method)
sc_off (sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
scale() (sisl.atom.Atom method)
(sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
sdata() (in module sisl.utils.sdata)
SelfEnergy (class in sisl.quantity.self_energy)
SemiInfinite (class in sisl.quantity.self_energy)
set() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
set_bc() (sisl.grid.Grid method)
set_boundary() (sisl.grid.Grid method)
set_boundary_condition() (sisl.grid.Grid method)
set_center() (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid method)
(sisl.shape.ellipsoid.Sphere method)
(sisl.shape.ellipsoid.Spheroid method)
(sisl.shape.prism4.Cuboid method)
set_dyn_key() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
set_es_key() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
set_geom() (sisl.grid.Grid method)
set_geom_key() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
set_grid() (sisl.grid.Grid method)
set_key() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
set_nsc() (sisl.supercell.SuperCell method)
(sisl.supercell.SuperCellChild method)
set_sc() (sisl.supercell.SuperCellChild method)
set_sc_key() (sisl.io.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.got.gotSileGULP method)
(sisl.io.gulp.gotSileGULP method)
set_supercell() (sisl.supercell.SuperCell method)
(sisl.supercell.SuperCellChild method)
sgeom() (in module sisl.geometry)
sgrid() (in module sisl.grid)
Shape (class in sisl.shape.shape)
shape (sisl.grid.Grid attribute)
(sisl.sparse.SparseCSR attribute)
Sile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.sile)
Sile_fh_open() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
sile_raise_read() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
sile_raise_write() (in module sisl.io)
(in module sisl.io.sile)
SileBigDFT (class in sisl.io)
(class in sisl.io.bigdft)
(class in sisl.io.bigdft.sile)
SileBin (class in sisl.io)
(class in sisl.io.sile)
SileBinBigDFT (class in sisl.io)
(class in sisl.io.bigdft)
(class in sisl.io.bigdft.sile)
SileBinSIESTA (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.sile)
SileBinVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.sile)
SileCDF (class in sisl.io)
(class in sisl.io.sile)
SileCDFBigDFT (class in sisl.io)
(class in sisl.io.bigdft)
(class in sisl.io.bigdft.sile)
SileCDFGULP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.gulp)
(class in sisl.io.gulp.sile)
SileCDFSIESTA (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.sile)
SileCDFVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.sile)
SileError
,
[1]
SileGULP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.gulp)
(class in sisl.io.gulp.sile)
SileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.sile)
SileVASP (class in sisl.io)
(class in sisl.io.vasp)
(class in sisl.io.vasp.sile)
SileW90 (class in sisl.io)
(class in sisl.io.wannier)
(class in sisl.io.wannier.sile)
sisl (module)
sisl.atom (module)
sisl.geom (module)
sisl.geom.basic (module)
sisl.geom.flat (module)
sisl.geom.nanotube (module)
sisl.geom.special (module)
sisl.geometry (module)
sisl.grid (module)
sisl.info (module)
sisl.io (module)
sisl.io.bigdft (module)
sisl.io.bigdft.ascii (module)
sisl.io.bigdft.setup (module)
sisl.io.bigdft.sile (module)
sisl.io.cube (module)
sisl.io.gulp (module)
sisl.io.gulp.got (module)
sisl.io.gulp.hessian (module)
sisl.io.gulp.setup (module)
sisl.io.gulp.sile (module)
sisl.io.ham (module)
sisl.io.molden (module)
sisl.io.siesta (module)
sisl.io.siesta.bands (module)
sisl.io.siesta.binaries (module)
sisl.io.siesta.fdf (module)
sisl.io.siesta.out (module)
sisl.io.siesta.setup (module)
sisl.io.siesta.siesta (module)
sisl.io.siesta.siesta_grid (module)
sisl.io.siesta.sile (module)
sisl.io.siesta.tbtrans (module)
sisl.io.siesta.tbtrans_av (module)
sisl.io.siesta.tbtrans_proj (module)
sisl.io.siesta.xv (module)
sisl.io.sile (module)
sisl.io.table (module)
sisl.io.vasp (module)
sisl.io.vasp.car (module)
sisl.io.vasp.setup (module)
sisl.io.vasp.sile (module)
sisl.io.wannier (module)
sisl.io.wannier.seedname (module)
sisl.io.wannier.setup (module)
sisl.io.wannier.sile (module)
sisl.io.xsf (module)
sisl.io.xyz (module)
sisl.quantity (module)
sisl.quantity.dynmat (module)
sisl.quantity.hamiltonian (module)
sisl.quantity.self_energy (module)
sisl.quaternion (module)
sisl.setup (module)
sisl.shape (module)
sisl.shape.ellipsoid (module)
sisl.shape.prism4 (module)
sisl.shape.shape (module)
sisl.sparse (module)
sisl.supercell (module)
sisl.units (module)
sisl.units.siesta (module)
sisl.utils (module)
sisl.utils.c2f (module)
sisl.utils.cmd (module)
sisl.utils.misc (module)
sisl.utils.ranges (module)
sisl.utils.sdata (module)
size (sisl.grid.Grid attribute)
sp2HS() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian class method)
spalign() (sisl.sparse.SparseCSR method)
SparseCSR (class in sisl.sparse)
sparserij() (sisl.geometry.Geometry method)
specie (sisl.atom.Atoms attribute)
Sphere (class in sisl.shape.ellipsoid)
Spheroid (class in sisl.shape.ellipsoid)
spin (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian attribute)
spsame() (sisl.sparse.SparseCSR method)
step_either() (sisl.io.Sile method)
(sisl.io.sile.Sile method)
step_to() (sisl.io.Sile method)
(sisl.io.sile.Sile method)
strmap() (in module sisl.utils.ranges)
strseq() (in module sisl.utils.ranges)
sub() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
sub_part() (sisl.grid.Grid method)
sum() (sisl.grid.Grid method)
SuperCell (class in sisl.supercell)
SuperCellChild (class in sisl.supercell)
swap() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
swapaxes() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
symbol (sisl.atom.Atom attribute)
T
T() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
TableSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.table)
tbtavncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans_av)
tbtncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans)
tbtprojncSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.tbtrans_proj)
Tbulk() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
Teig() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
TightBinding (in module sisl.quantity.hamiltonian)
tile() (sisl.atom.Atoms method)
(sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
toASE() (sisl.geometry.Geometry method)
tocell() (sisl.supercell.SuperCell class method)
tocsr() (sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
(sisl.sparse.SparseCSR method)
translate() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.supercell.SuperCell method)
transmission() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
transmission_bulk() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
transmission_eig() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
TSHSSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.binaries)
type() (sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
U
unit_convert() (in module sisl.units)
(in module sisl.units.siesta)
unit_default() (in module sisl.units)
(in module sisl.units.siesta)
unit_group() (in module sisl.units)
(in module sisl.units.siesta)
V
vector_current() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
vector_current_from_orbital() (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
vol (sisl.supercell.SuperCell attribute)
(sisl.supercell.SuperCellChild attribute)
volume (sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid attribute)
(sisl.shape.prism4.Cuboid attribute)
(sisl.shape.shape.Shape attribute)
W
winSileW90 (class in sisl.io)
(class in sisl.io.wannier)
(class in sisl.io.wannier.seedname)
within() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.shape.ellipsoid.Ellipsoid method)
(sisl.shape.ellipsoid.Sphere method)
(sisl.shape.prism4.Cuboid method)
(sisl.shape.shape.Shape method)
within_sc() (sisl.geometry.Geometry method)
wkpt (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
write() (sisl.geometry.Geometry method)
(sisl.grid.Grid method)
(sisl.io.BaseSile method)
(sisl.io.sile.BaseSile method)
(sisl.quantity.hamiltonian.Hamiltonian method)
write_data() (sisl.io.table.TableSile method)
(sisl.io.TableSile method)
write_es() (sisl.io.dHncSileSiesta method)
(sisl.io.HamiltonianSile method)
(sisl.io.ham.HamiltonianSile method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.dHncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.dHncSileSiesta method)
write_geom() (sisl.io.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.CARSileVASP method)
(sisl.io.CUBESile method)
(sisl.io.HamiltonianSile method)
(sisl.io.MoldenSile method)
(sisl.io.XSFSile method)
(sisl.io.XVSileSiesta method)
(sisl.io.XYZSile method)
(sisl.io.bigdft.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.bigdft.ascii.ASCIISileBigDFT method)
(sisl.io.cube.CUBESile method)
(sisl.io.dHncSileSiesta method)
(sisl.io.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.ham.HamiltonianSile method)
(sisl.io.molden.MoldenSile method)
(sisl.io.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.XVSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.dHncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdf.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.fdfSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.siesta.ncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.dHncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.xv.XVSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.vasp.CARSileVASP method)
(sisl.io.vasp.car.CARSileVASP method)
(sisl.io.xsf.XSFSile method)
(sisl.io.xyz.XYZSile method)
write_grid() (sisl.io.cube.CUBESile method)
(sisl.io.CUBESile method)
write_sc() (sisl.io.molden.MoldenSile method)
(sisl.io.MoldenSile method)
write_tbtav() (sisl.io.siesta.tbtavncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta method)
(sisl.io.siesta.tbtrans_av.tbtavncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtavncSileSiesta method)
(sisl.io.tbtncSileSiesta method)
X
xa (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
XSFSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.xsf)
XVSileSiesta (class in sisl.io)
(class in sisl.io.siesta)
(class in sisl.io.siesta.xv)
xyz (sisl.io.siesta.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.siesta.tbtrans.tbtncSileSiesta attribute)
(sisl.io.tbtncSileSiesta attribute)
XYZSile (class in sisl.io)
(class in sisl.io.xyz)
Z
Z() (sisl.atom.PeriodicTable method)
Z_int() (sisl.atom.PeriodicTable method)
Z_label() (sisl.atom.PeriodicTable method)
Z_short() (sisl.atom.PeriodicTable method)
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